AutoCADの持っているカスタマイズ機能を駆使して、LISPやVBAなどによるマクロを作ってもよいのですが、AutoCADのLT版でできる、手軽で手っ取り早い方法を紹介します。 
手順を書くと長いですが、操作自体はクリックしまくるだけなので簡単です。

■AutoCADでの操作

１．各断面をポリラインにして、繋げる

２．要に応じて、DLを分かりやすい高さに移動させる
　　（やらなくても可。やった方がデータを見やすくなる）

３．河道の中心線に目安となるxlineを引く
　　（やらなくても可。やった方がデータを見やすくなる）

４．logfilemodeを1にする
　　（LOGFILEPATHに、全ての操作を記録したファイルが作成されます）

５．●SPほにゃららと打ち込む
　　（ログファイルを見やすくするため）

６．UCS原点をDLとxlineが交差する点にセットする
　　（UCSツールバーを表示させて、原点ボタンをクリックするだけ）

７．横断線を選んでlistを表示

８．（５～７）を断面の数だけ繰り返す
　　その際、毎度毎度●SPほにゃららを打ち込むのは面倒なので、
　　　十時キーの上を2回押す＞BSキーを押す＞新しい数字を入力
　　とすると、楽です。

９．全ての断面のlist取得が終わったら、logfilemodeを0に戻す

■出来上がったテキストファイルの操作

１．秀丸などの「正規表現」が使えるソフトでlogファイルを開く

２．置換で、以下の文字列を消す
　　(^\n|^(?!ｺﾏﾝﾄﾞ: ●.*)(?!.*点の位置.*).*$)

３．置換で、以下の文字列を消す
　　(ｺﾏﾝﾄﾞ: |X=|Y=|  Z=.*|          点の位置  |^ *|)

４．置換で、以下の文字列を,に置換する
　　( +)

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